Cụ thể, tỉnh Quảng Nam đề xuất áp dụng phương pháp tính thuế VAT theo tỷ lệ % trên doanh thu đối với doanh nghiệp có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý. Đồng thời, quy định mức tỷ lệ (%) trên doanh thu riêng đối với hoạt động kinh doanh mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (không áp dụng tỷ lệ của các hoạt động kinh doanh thương mại, dịch vụ).

Trong khi đó, TP. Cần Thơ kiến nghị nên quy định tính thuế đối với lĩnh vực này theo phương pháp trực tiếp theo doanh thu, hoặc theo phương pháp khoán thuế quy định tại Luật Quản lý thuế bởi Việt Nam hiện chưa có biện pháp quản lý giá vốn mua vào, vì người dân đến bán vàng thường không có hóa đơn, doanh nghiệp tự lập bảng kê theo giá thị trường để tính giá vốn mua vào tương ứng.

Điều này đã dẫn đến thuế VAT phải nộp trong trường hợp này không đúng thực tế, dẫn đến thất thu thuế và sai quy định về hóa đơn chứng từ để làm căn cứ ghi vào sổ sách kế toán theo quy định. Vì vậy, việc ban hành quy định này sẽ bắt buộc đối tượng kinh doanh vàng bạc, đá quý phải thực hiện hóa đơn điện tử từ máy tính tiền.

Riêng TP. Hải Phòng đề xuất sửa đổi, bổ sung theo hướng trường hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên VAT. Nếu doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì số thuế VAT đầu vào được khấu trừ được tính tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế VAT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế VAT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Trong đó, tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm: doanh thu chịu thuế VAT, doanh thu không chịu thuế VAT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được và chênh lệch dương (+) lũy kế của cả kỳ tính thuế (tháng/quý/năm dương lịch) giữa giá bán ra và giá mua vào của hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý.

Tuy nhiên, Bộ Tài chính nhận định rằng những đề xuất, kiến nghị của 3 địa phương trên là không phù hợp. Theo Bộ Tài chính, không có cơ sở để đưa ra mức tỷ lệ đối với hoạt động kinh doanh mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý. Bên cạnh đó, doanh thu của hoạt động này rất lớn, vì vậy, Bộ Tài chính đề nghị giữ như dự thảo, không thay đổi.

Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng cho rằng, quy định như vậy sẽ rất phức tạp, khó khăn cho công tác quản lý. Do vậy, Bộ đề nghị hoạt động kinh doanh, chế tác vàng, bạc, đá quý chỉ áp dụng 1 phương pháp trực tiếp.

Theo DNSG